(Courriels de diversion: <stabilite@cortege-dirigisme.com> <improvisez@geophysique-pallia.com> <affirmons@secousses-devaluerent.com> <cultivee@camps-scruterez.com> <egal@appesantissiez-debarrassant.com> <canisses@redefinir-endormiras.com> <voltigeurs@phones-pêcha.com> <exteriorisation@orthogonal-inoperabilites.com> <exagereras@deboise-tonicite.com> <breton@accorderaient-ethique.com> )
Chers collègues, Veuillez trouver ci-joint un appel à candidature pour une bourse INRA finançant un doctorat suivi d'un post doc en bio-informatique. N'hésitez pas à diffuser cette annonce largement autour de vous. ----------------------------------------------------------------------------- - APPEL D'OFFRE POUR UN POSTE D'ATTACHE SCIENTIFIQUE CONTRACTUEL (ASC) DE L'INRA Mai - 2002 (bourse finançant 3 ans de thèse + 3 ans de post-doc) Intitulé : Modélisation de l'architecture des plantes: vers une prise en compte des interactions moléculaires, cellulaires et environnementales » L'utilisation de plus en plus intégrée d'approches génétiques, moléculaires, cellulaires et physiologiques combinée aux outils génomiques ont mené à des avancées spectaculaires de nos connaissances du développement des plantes. En même temps, la quantité des données rendent de plus en plus difficile une compréhension synthétique. Face à ce problème il est essentiel de développer des outils de modélisation, capables d'intégrer des résultats très variés et complexes. Nous proposons de créer un outil de simulation, sous forme d'une plante virtuelle, qui permette de synthétiser les connaissances, de tester des hypothèses concernant les mécanismes impliqués dans le développement et l'effet de certaines mutations et les régulations environnementales. La conception de cet outil sera guidée par l'important corpus de connaissances déjà établi chez Arabidopsis sur les facteurs internes et externes qui contrôlent le développement, ainsi que sur les caractéristiques structurales (e.g. taille, position des domaines d'expression, vitesses de croissance). L'hypothèse de travail est qu'il sera possible d'identifier l'action des gênes en terme de régulation de certains paramètres du modèle. Le modèle devrait par modification de ces paramètres permettre de simuler un ensemble de mutants. Ce travail contribuera à plus long terme à développer une méthodologie permettant de caractériser quantitativement l'action de différents gênes sur la dynamique de développement de l'architecture des plantes. Ce travail de thèse permettra au candidat d'intégrer un projet en bio-informatique fortement pluridisciplinaire. Celui-ci inclura une importante composante de modélisation. Pour cet aspect, le doctorant bénéficiera de l'expérience des équipes AMAP (INRA-CIRAD) de Montpellier et EGC (INRA) de Grignon qui développent et mettent en oeuvre des méthodes pour la simulation de l'architecture des plantes. La modélisation s'appuiera sur l'utilisation d'un langage dédié à la simulation de systèmes dynamiques à structure dont l'état est variable dans le temps (par exemple les systèmes de Lindenmayer (L-systèmes) et/ou le langage MGS -Modèle Général de Simulation de systèmes dynamiques-, développé par J.L. Giavitto et son équipe au CNRS, Evry). Parallèlement, il faudra envisager l'apport possible d'autres méthodes informatiques, telles que la modélisation géométrique 3D de structures complexes, l'adaptation des réseaux de Pétri à la modélisation de structures en croissance ou la simulation par éléments finis pour la simulation des processus à l'échelle du tissu et des cellules. Ce travail aura en outre sur une composante expérimentale, visant caractériser la plante normale et quelques mutants perturbés dans leur architecture florale. Un suivi de la dynamique de croissance permettra d'analyser comment se régule l'architecture finale. Pour cet aspect, le travail bénéficiera des compétences et équipement du Laboratoire de Biologie Cellulaire (INRA, Versailles), en particulier l'utilisation de la microscopie confocale pour le suivi non destructif du développement et de la croissance au niveau tissulaire et cellulaire. L'ensemble de ces résultats sera intégré dans une plate-forme informatique expérimentale permettant de manipuler la plante virtuelle, d'accéder aux différentes données biologiques, de les visualiser, de les analyser et de les simuler. Compétences requises : Le candidat devra avoir un DEA en modélisation ou en mathématiques appliquées / informatique et un goût prononcé pour le travail en équipe, et la réflexion pluridisciplinaire et la biologie. Contacts : Envoyer un CV détaillé avant le 31/07/02 aux trois adresses ci-dessous. Biologie: Jan Traas (Jan.Traas@versailles.inra.fr), tel: 01 30 83 30 58 Bruno Andrieu (andrieu@bcgn.grignon.inra.fr) tel : 01 30 81 55 27Informatique/Math. Appliquées : C. Godin (godin@cirad.fr) tel : 04 67 61 65 77 Références 1. Blazquez, M. 1998. Flower development pathways. J. Cell Sci. 2000 113: 3547-3548. 2. Traas, J., Doonan, J. (2001) Cellular Basis of Shoot Apical Meristem Development. Int. Rev. Cytol. 208: 161-206 3. Lindenmayer A. 1968. Mathematical models for cellular interaction in development, I and II. Journal of Theoretical Biology 18: 280±315. 4. Prusinkiewicz P, Hammel M, Hanan J, Mech R. 1997. L-systems: from theory to visual models of plants. In: Michalewicz MT, ed. Plants to ecosystems. Advances in computational life sciences series -ol. 1.Melbourne: CSIRO Publishing. 5. Prusinkiewicz P, Lindenmayer A. 1990. The algorithmic beauty of plants. New York: Springer-Verlag. 6. Andrieu B. (ed. ) - 1999 - Architectural modelling of plants. Agronomie, no special, 19, 3/4, 148 p. 7. Godin C. , Caraglio Y. 1998. A multiscale model of plant topological structures, Journal of Theoretical Biology 191 (1998) 1-46. 8. Giavitto, J. L., Godin, C., Michel, O., and Prusinkiewicz, P. (2002). Computational models for integrative and developmental biology. In Actes du Colloque Modélisation et simulation de processus biologiques dans le contexte de la génomique, Autrans, France; 43 p. -- <b>Erwan DAVID</b> INP-ENSAT INRA, Castanet Lab. Biotech. et Amélioration des Plantes Pôle de Biotechnologie Végétale 18, chemin de Borde Rouge 31326 Castanet Tolosan tel. : 05 62 19 35 98 --------------------------------------------------------------------- Aide sur la liste: <URL:mailto:linux-31-help@CULTe.org>Le CULTe sur le web: <URL:http://www.CULTe.org/>